Analisis Dr Sue Thompson dari Australian National University yang diterbitkan Lowy Institute menjelaskan bahwa sengketa tersebut kemudian terus bertahan dalam hubungan Malaysia-Filipina, meskipun intensitasnya mengalami pasang surut.
Menurut analisis tersebut, persoalan Sabah sempat dibayangi oleh Konfrontasi Indonesia-Malaysia dan berbagai dinamika politik Asia Tenggara pada dekade 1960-an.
Pada 1963, Sabah masuk ke dalam Federasi Malaysia. Pemerintah Malaysia menempatkan proses tersebut dalam kerangka Malaysia Agreement 1963 dan hasil konsultasi masyarakat setempat.
Portal resmi Parlemen Malaysia mencatat bahwa legislatur Sabah dan Sarawak menyetujui langkah pembentukan Malaysia, sedangkan deklarasi pembentukan federasi berlangsung pada 16 September 1963.
Namun, Manila tidak pernah sepenuhnya meninggalkan klaimnya.
Pada 20 Februari 2026, Departemen Luar Negeri Filipina kembali menegaskan bahwa pemerintahnya mempertahankan klaim kedaulatan atas Sabah, meskipun wilayah tersebut saat ini dikelola Malaysia.
Philippine News Agency melaporkan pernyataan tersebut disampaikan pejabat DFA bidang urusan maritim ketika muncul kembali pembahasan mengenai peta Filipina tahun 2012 yang memasukkan Sabah dalam wilayah yang diklaim.
Perkembangan lain terjadi di ranah hukum maritim. Maritime Zones Act dan Archipelagic Sea Lanes Act Filipina disahkan pada November 2024.
Menurut analisis Lowy Institute, Malaysia kemudian menyampaikan protes formal pada Februari 2026 karena Kuala Lumpur menilai definisi zona maritim dan jalur laut Filipina berpotensi mencakup wilayah yang diklaim Malaysia di utara Sabah.
Persoalan tersebut menunjukkan bahwa sengketa lama mengenai daratan kini beririsan dengan delimitasi ruang laut, landas kontinen dan kepentingan strategis di kawasan.
Pemerintah Malaysia tetap menolak klaim Filipina.
Dalam perkembangan diplomatik yang dilaporkan pada 2026, Kuala Lumpur mempertahankan pandangan bahwa Sabah merupakan wilayah Malaysia dan menyampaikan keberatan terhadap tindakan Filipina yang dinilai berdampak terhadap batas maritim Malaysia.
Al Jazeera pada Agustus 2026 juga mencatat bahwa Filipina mempertahankan klaimnya, sementara Malaysia terus menolaknya.
Di tengah ketegangan diplomatik itu, penting untuk membedakan klaim negara Filipina dengan perkara hukum yang pernah diajukan oleh pihak yang mengaku sebagai ahli waris Sultan Sulu.
Keduanya memiliki hubungan sejarah, tetapi bukan perkara yang identik.
Perkara ahli waris Sulu berkembang menjadi sengketa arbitrase internasional yang kemudian menghasilkan berbagai proses hukum di sejumlah yurisdiksi.
Pada November 2024, Mahkamah Kasasi Prancis menolak upaya hukum berkaitan dengan putusan arbitrase tersebut.
Dokumen pengadilan Prancis menjelaskan bahwa perkara tersebut berkaitan dengan interpretasi dan pelaksanaan perjanjian 1878 serta mekanisme arbitrase yang dipersoalkan.
